种蛋孵化率低的三大原因不同品种或不同品系的种蛋孵化率不同；近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡；杂交种蛋孵化率高。
种鸡周龄
母鸡初产期的蛋孵化率低；在30周龄~42周龄产的蛋孵化率zui高；以后随周龄增长而逐渐下降，微型孵化机，约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。
鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高；影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
种鸡营养
日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多；缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高；缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。
健康状况
种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。
种蛋的品质
裂缝、污秽、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。
短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，淮北孵化机，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，肉鸽孵化机，胚胎发育受阻，孵化率降低。 孵化条件的原因
温度
孵化温度过高过低都会影响胚胎发育，严重时造成胚胎死亡。
孵化湿度过大过小，都影响蛋内水分代谢，胚胎死亡率高。
翻蛋
孵化中翻蛋不当或完全停止翻蛋，卵黄容易黏附于蛋壳膜上，影响胚胎运动，造成胎位不正，导致胚胎死亡。
孵化机通风换气
孵化中通风不良，会出现胎位不正和畸形，胚胎死亡率增高。
在供电不稳的地区或孵化机出现故障，使孵化中停电时间过长，造成温度降低和孵化机内温度不均匀，使胚胎发育受阻甚至全部损失。
照蛋：首回照蛋 是在孵化后7—8天，主要检查种蛋的受精率和胚胎发育情况。发育正常的胚胎在灯光照验下，隐约可见胚胎上浮，卵黄囊上的血管网向四周扩张如蜘蛛网状。弱胚血管纤细，扩张面小；无精蛋，孵化机配件，蛋内透明，隐约呈现蛋黄的阴影；死精蛋呈现血线或血环，有时可见粘壳的小黑点。
第二次照蛋 鸡蛋在孵化的11天。大型立体孵化机在第二次照蛋时，多采用抽查法，抽检几个蛋盘的胚胎。发育正常的胚胎，尿囊在蛋的尖端合拢，包围蛋内的蛋白，可见蛋的尖端布满血管；发育迟缓的胚胎，尿囊尚未合拢，蛋的尖端尚无血管分布；死胚蛋无血管分布，蛋内半透明，蛋中有模糊的团块。
第三次照蛋 鸡蛋在孵化的18—19天进行。发育正常的胚胎，气室增大，气室边缘是弯曲倾斜的，血管粗，可偶见胚胎闪动，即胎动，俗称转身和闪毛。即将出壳的雏禽占据胚蛋；发育迟缓的胚胎，气室增大，平齐，血管明显，蛋的尖端发亮；死胚蛋气室边缘弯曲度不大或无弯曲，蛋的尖端发亮，蛋内发暗，浑浊不清，摸之无温暖感。
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